Helen Taussig nació en 1898 en Cambridge, Massachusetts, de Frank W. Taussig, un conocido economista y profesor de la Universidad de Harvard, y Edith Thomas Guild, uno de los primeros estudiantes de Radcliffe College. Su madre murió cuando ella solo tenía 11 años, y su abuelo, un médico que tenía un gran interés en la biología y la zoología, pudo haber influido en su decisión de convertirse en médico. Hermanos: Mary Guild, Catharine Crombie, William Guild.
